机器学习和生物信息学实验室联盟

SRA下载成功

zouquan — Sat, 21 Jan 2017 14:03:03 +0000

SRA专门用于存放测序数据，下载他们的数据不能用ftp或http，需要用他们专用的软件。好在不用授权，这点比GTCCC强多了。正常有一定的linux经验，应该不会有什么问题。但实话实说，他们的文档好烂。举的例子竟是高级用法，最基础的用法没有举例。以后我的软件写文档要注意这点。另外一个就是文件下载，没有下载大到当前 ...

利用网格法优化libsvm中c和g--------MATLAB程序

jianglimin — Wed, 25 May 2016 11:39:25 +0000

说明： 1、程序思想，考虑到样本的不平衡，参考F-score的值进行寻优。 2、关于F-score的概念参考： http://bbs.malab.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=418&extra=page%3D4 3：小辈也是学习阶段，MATLAB编写的不漂亮，望各位大神指教。主程序： tic close all; clear; clc; global z global test_input ...

机器学习中的维度灾难

huasixie — Thu, 05 Nov 2015 14:23:17 +0000

转自：http://www.visiondummy.com/2014/04/curse-dimensionality-affect-classification/ In this article, we will discuss the so called ‘Curse of Dimensionality’, and explain why it is important when designing a classifier. In the following sections I will provide an intuitive explanation of this con ...

逻辑回归LR的特征为什么要先离散化

花思谢 — Fri, 31 Jul 2015 07:59:53 +0000

转自： http://blog.csdn.net/yang090510118/article/details/39478033 在工业界，很少直接将连续值作为特征喂给逻辑回归模型，而是将连续特征离散化为一系列0、1特征交给逻辑回归模型，这样做的优势有以下几点： 1. 稀疏向量内积乘法运算速度快，计算结果方便存储，容易scalable（扩展）。 2. 离散化后的特征对异常数 ...

从最大似然到EM算法浅解

花思谢 — Thu, 14 May 2015 13:02:52 +0000

转载自： http://blog.csdn.net/zouxy09/article/details/8537620 机器学习十大算法之一：EM算法。能评得上十大之一，让人听起来觉得挺NB的。什么是NB啊，我们一般说某个人很NB，是因为他能解决一些别人解决不了的问题。神为什么是神，因为神能做很多人做不了的事。那么EM算法能解决什么问题呢？或者说EM算法是因为什么 ...

无线接入点

zouquan — Wed, 28 Jan 2015 08:45:01 +0000

收拾实验室，偶然发现了几年前配服务器时赠送的无线接入点H3C WA2110-GN。当时我不知道是什么东西，也就仍在那没理。今天翻出来，偶然明白了，是不是就是查到交换机上，原来的普通交换机就变成无线交换机了？正好400缺个这东西。可是发现盒子里没有电源线，挺郁闷，我以为被我弄丢了。仔细看了一下说明书，原来电 ...

为什么5==flag

花思谢 — Thu, 08 Jan 2015 08:57:56 +0000

转载自： http://blog.csdn.net/ithomer/article/details/5017929 为什么把常量写在 == 运算符的左边当然，把常量写在 == 运算符的左或右对运算本身没有任何影响，它们仅仅是两种不同的书写风格。所以我敢保证很多人并不会因为看到某些帖子宣称“应该将常量放在左边”就真的改变自己固有的风格，说到底 ...

shell 拾遗

花思谢 — Tue, 09 Dec 2014 13:16:41 +0000

想学习shell的话，推荐《Linux shell 脚本攻略》 (rbey)，虽然里面有几处有问题，毕竟瑕不掩瑜。 1.创建多层目录： mkdir -p /home/slynux/test/hello/ 还可以这样用 mkdir -p /home/slynux/test/{1,2,3,4}/hello 2.求两个文件合，并，差 comm a.txt b.txt 其中a,b文件必须是已排 ...

Linux下定时执行脚本

花思谢 — Mon, 17 Nov 2014 03:45:03 +0000

转自： http://www.blogjava.net/decode360/archive/2009/09/18/287743.html 今天做了个数据库的备份脚本，顺便系统得学习一下Linux下定时执行脚本的设置。Linux下的定时执行主要是使用crontab文件中加入定制计划来执行，设置比Windows稍微复杂一些(因为没有图形界面嘛)，但是也不是非常复杂，基 ...

glog使用

花思谢 — Wed, 05 Nov 2014 13:10:53 +0000

glog介绍: Google glog是一个基于程序级记录日志信息的c++库，编程使用方式与c++的stream操作类似，例： LOG(INFO) << "Found " << num_cookies << " cookies"; “LOG”宏为日志输出关键字，“INFO”为严重性程度。主要支持功能： 1，参数设置，以 ...

do...while(0) do...while(false)的妙用

花思谢 — Wed, 05 Nov 2014 08:52:41 +0000

转自： http://wenku.baidu.com/link?url=Qr1sMCTBWxj5YJMi1sozOlSGcKAGuiPHRmMNPfeo89gvxlJ2zkFTefrKeZqihGtvrnx2NxE5aCLAVYH67Biop9GAemqGliUOId0t-yARCWm 在C++中，有三种类型的循环语句：for, while, 和do...while，但是在一般应用中作循环时，我们可能用for和while要多一些，do...while相 ...

十个最值得阅读学习的C开源项目代码

花思谢 — Fri, 31 Oct 2014 03:12:01 +0000

转自： http://www.osforce.cn/group/17/thread/388?fr=weibo&mu=140910XRNWcD 一直想看看别人写的代码学习学习，但是一直没行动。 1. Webbench Webbench是一个在linux下使用的非常简单的网站压测工具。它使用fork()模拟多个客户端同时访问我们设定的URL，测试网站在压力下工作的性能，最多可以模拟3万个并发 ...

linuxshell中"2>&1"含义

花思谢 — Mon, 13 Oct 2014 10:58:05 +0000

转自： http://www.cnblogs.com/itech/archive/0001/01/01/1525590.html http://os.chinaunix.net/a2009/0903/996/000000996941.shtml http://blog.sina.com.cn/s/blog_5842daa30101enz5.html 2>&1 ...

如何测试洗牌程序

花思谢 — Wed, 08 Oct 2014 12:18:07 +0000

简明 Vim 练级攻略

花思谢 — Tue, 07 Oct 2014 09:59:49 +0000

转自： http://coolshell.cn/articles/5426.html 非常不错的文章，复制的有点问题，可以去看原文。 vim的学习曲线相当的大（参看各种文本编辑器的学习曲线），所以，如果你一开始看到的是一大堆VIM的命令分类，你一定会对这个编辑器失去兴趣的。下面的文章翻译自《 Learn Vim Progressively 》，我觉得这 ...

使用grep恢复被删文件内容

花思谢 — Mon, 29 Sep 2014 02:48:11 +0000

伸手... 转自： http://coolshell.cn/articles/2822.html 在Unix/Linux下，最危险的命令恐怕就属rm命令了，每次在root下使用这个命令的时候，我都要盯着命令行看上几分钟才敢把回车敲下去。以前，看到同事在脚本中使用rm命令 —— rm {$App_Dir}/* 。因为脚本没有判断变量$App_Dir是否为空，结果， ...

sed 简明教程

花思谢 — Sun, 28 Sep 2014 13:11:34 +0000

给Python初学者的一些技巧

花思谢 — Thu, 25 Sep 2014 06:41:56 +0000

伸手党继续作案转自 http://blog.jobbole.com/32748/ 英文原文： Max Burstein ，编译：伯乐在线 – 刘志军以下是我近些年收集的一些Python实用技巧和工具，希望能对你有所帮助。交换变量 x = 6 y = 5 x, ...

Python 代码性能优化技巧

花思谢 — Thu, 25 Sep 2014 04:41:26 +0000

伸手党转自： http://blog.jobbole.com/77042/ 选择了脚本语言就要忍受其速度，这句话在某种程度上说明了 python 作为脚本的一个不足之处，那就是执行效率和性能不够理想，特别是在 performance 较差的机器上，因此有必要进行一定的代码优化来提高程序的执行效率。如何进行 Python 性能优化，是本文探讨 ...

2014暑期实习总结

林伟 — Sat, 30 Aug 2014 11:43:51 +0000

前言诧异地获得了个用户组:实习版主的头衔, 每日登陆论坛, 感觉高大上的存在着... 主要干的事情 1. 结合自己之前的经历和文献思路初步完成了smallRNA分析的搭建, 有用到的预测软件是: mireap, mirdeep2和miRanalyzer, 这部分的相关资料后期得空的话, 会整理改善放在我的github账号里: ht ...