probabilistic suffix tree

terence

一篇关于用probabilistic suffix tree建模序列context的文章。做序列模型的时候（找motif，找gene，做chip-seq，做甲基化修饰），会遇到之类问题，马氏模型选取一阶、二阶、三阶，还是更高阶合适。马氏模型的阶数越高，参数的数目是指数增长的。这篇文章的解决方法很巧妙，数学上非常美。建模context的时候，crf也是一个很好的选择，因为feature function的定义非常的flexible.

http://bioinformatics.oxfordjour ... 21/11/2657.abstract