使用计划

zouquan

我想在66上安装一些常用的软件，和各个课题组自己开发的软件，以及常用的代码。方便同学们（尤其是菜鸟们）做实验。

暂时计划：（欢迎大家回帖讨论，补充）

pipeline
    特殊蛋白质识别

software
    MiPred （Jiang Peng's work）

机器学习
    特征提取
          蛋白质
               188D（SVM-Prot，已安装）
               473D（Wei's work，已安装，不方便，使用有点麻烦，有待改进）
          RNA
               32D（Xue's work）
               98D（Wei's work）
          DNA
               n-gram
               skip-n-gram
               motif features (彭贺)
    特征选择
          mRMR （已安装）
          MRMD  （万世想负责？）
    分类器
          libSVM (含grid优化，pso优化)
          libD3C         
          gkm-SVM
          极限学习 （郭佳盛负责）
    格式转换
          arff2libsvm （已安装）
          addweightforArff
    数据预处理
          cd-hit （已安装）

生物网络
     katz
     catpult
     hetesim
     矩阵分解

zouquan

libSVM使用：
    （1）pso 路径：
    /Bioinformatics_Machine_Learning/Machine_Learning/classifier/libsvm/libsvm-3.21/python
    命令：
    python pso.py -i out.file -t 10 -n 10

    （2）grid.py easy.py
     我去掉了gnuplot
    路径：
      /Bioinformatics_Machine_Learning/Machine_Learning/classifier/libsvm/libsvm-3.21/tools