序列比对工具之BLAST

zouquan

对于BLAST+，如果查询序列比较短（比如20左右），结果将什么都得不到，这时候要用：
blastn -task blastn-short
比如：
blastn -task blastn-short -query slrna.fa -db contig.fa -out sl2contig.blast6 -outfmt "6 qseqid qlen sseqid slen qstart qend sstart send evalue length mismatch gaps"

zouquan

http://www.comp.hkbu.edu.hk/~chxw/software/G-BLASTN.html

一个基于GPU的BLASTN，大家谁到66上试一下，写文档有重奖！