将XML文件解析成CSV（excel）文件

wangzhen · 发表于 2013-12-17 12:49:50

本帖最后由 wangzhen 于 2013-12-17 12:48 编辑

问题：
      数据库中下载了集成多种蛋白质信息（名称、序列、亚细胞位点等等）的XML文件，现将XML文件解析成标准csv（excel）格式文件。

方法：
      jar文件: ReadXml.jar
      输入：待处理的XML文件：LOCATE_human_v6_20081121.xml（此文件必须放在一个文件夹内,本例为D:\XML文件夹，并且此文件夹只有这个待处理文件）
      输出：CSV文件： LOCATE_protein.csv（提前新建一个文件夹output，csv文件会生成在output文件夹中）

      打开dos命令窗口，一直cd到ReadXml.jar文件存放的文件夹（以桌面为例），输入命令java -jar -Xmn16m -Xms64m -Xmx8000m ReadXml.jar D:\XML output （其中：-Xmn16m -Xms64m -Xmx8000m指令是JVM内存修改，根据自己的情况修改大小或不写。见下图解释）
如下图所示：
SQQP9`SN%~7KQQOU`H`VQF7.jpg

图中：
      红色框内为修改JVM堆内存指令（我将Xmx修改成了8000m，之前修改成4000m仍然失败。待处理文件627m,本人电脑内存16G，可根据个人情况自行设置，否则会出现java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space错误！）
      黄色框内的文件夹output（输出文件.csv文件所在的文件夹）是提前新建好的，其存放路径必须与ReadXml.jar存放路径相同！

      注意！！指令中输入、输出参数必须是存放输入输出文件的文件夹，而并非输入输出文件！！

ReadXml.zip (8.42 KB, 下载次数: 0)

代码是胡世昌师兄写的，并交我如何使用，谢胡哥~
现将用法总结如上，供大家学习~

zouquan · 发表于 2013-12-17 15:54:59

哈哈，整天整点几k几m的有啥意思？

不干点大活儿，都对不起我的16G内存电脑

hsc · 发表于 2013-12-17 16:03:57

PS：我名字给我写错了

另外，这个程序很早之前写的，当时只是为了方便，所以里边很多东西都是按照最简单的方式来处理的，小打小闹可以，如果是需要正规一点的，还是谨慎一点使用，先mark一下，待我论文写完，给写一个可定制功能的版本的！

wangzhen · 发表于 2013-12-18 09:39:21

zouquan 发表于 2013-12-17 15:54
哈哈，整天整点几k几m的有啥意思？

不干点大活儿，都对不起我的16G内存电脑

惭愧惭愧...努力努力

wangzhen · 发表于 2013-12-18 09:40:29

hsc 发表于 2013-12-17 16:03
PS：我名字给我写错了
另外，这个程序很早之前写的，当时只是为了方便，所以里边很多东西都是按照最 ...

不好意思啦。。。
期待高版本诞生~