miRNA-disease

bcdfg · 发表于 2019-1-7 19:44:39

本帖最后由 bcdfg 于 2019-1-7 20:42 编辑

1. 问题和数据

问题描述
对miRNA和疾病之间的关联进行预测
数据整理
常用数据来源（原始数据）
- miRNA-target 关联：mirtarbase http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/ DIANA-Tarbase (http://www.microrna.gr/tarbase)
- miRNA functional 相似度：http://www.cuilab.cn/files/images/cuilab/misim.zip
- disease数据 MeSH https://www.nlm.nih.gov/mesh/
- miRNA-疾病关联 HMDD http://www.cuilab.cn/hmdd
- Disease gene associations：SIDD http://mlg.hit.edu.cn/SIDD
- gene数据：HPRD http://www.hprd.org/
miRNA相似度
- miRNA-target 关联：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/
- miRNA functional 相似度：http://www.cuilab.cn/files/images/cuilab/misim.zip
- miRNA 高斯相似度
疾病相似度
- MeSH https://www.nlm.nih.gov/mesh/
- 疾病高斯相似度
miRNA-疾病关联矩阵
- HMDD http://www.cuilab.cn/hmdd
数据库
- dbDEMC http://www.picb.ac.cn/dbDEMC/
- mir2disease http://www.mir2disease.org/

2. 方法
基于具有相似功能的miRNAs更可能与相似的疾病相关的假设，目前的研究大致有如下几种

基于邻域信息的方法，CPTL
基于随机游走的方法，RWRMDA, MIDP, and MIDPE
基于机器学习的方法，RLSMDA
基于路径的方法，PBMDA
基于矩阵补全的方法，IMCMDA

（2012,Chen) 提出RWRMDA在功能相似性网络上采用随机游走的方法来进行连接预测

(2015,Chen,Yan)建了基于半监督学习的RLSMDA

RLSMDA.pdf (823.46 KB, 下载次数: 7) 模型，用于预测潜在疾病相关miRNA。RLSMDA可计算新疾病的miRNA疾病关联预测分数。同时，RLSMDA可以避免miRNA与疾病之间的负相关。

(2016，Chen）提出了一种基于Gaussianinteraction profile kernel similarity与miRNA功能相似度和疾病语义相似度计算的WBSMDA

WBSMDA.pdf (607.4 KB, 下载次数: 6) 模型。WBSMDA可以预测潜在疾病相关miRNA的新疾病和新的miRNA没有已知的关联信息。

(2017,You）PBMDA是一种有效的基于路径的miRNA疾病关联预测模型。该模型采用深度优先搜索算法，整合疾病语义相似性、miRNA功能相似性、已知miRNA-疾病关联信息、Gaussian interaction profile kernelsimilarity 。

(2017，Zeng)

SPM.pdf (1.75 MB, 下载次数: 5) 利用疾病相似性网络，miRNA相似性网络，以及疾病-MiRNA关联信息，提出了基于结构扰动的miRNA-疾病预测算法。

(2018,Chen).

BNPMPDA.pdf (369.97 KB, 下载次数: 6) BNPMDA提出了一种二分网络投影的方法来进行链接预测。miRNA 功能相似性, 疾病语义相似性，miRNA-疾病关联信息和Gaussianinteraction profile kernel similarity

(2018)DMHM

DMHM.pdf (1.24 MB, 下载次数: 5) 提出了一种结合了target信息基于异构网络的方法。

(2018)IMCMDA

IMCMDA.pdf (601.92 KB, 下载次数: 5) 提出了一种基于矩阵补全的方法。

MIDP MIDPE

MIDP.pdf (940.23 KB, 下载次数: 5) 基于随机游走的方法数据包含 5100 associations between 490 miRNAs， 326 种疾病

3. 可供实验参考的代码和数据
SPM SPMdata_code.rar (479.57 KB, 下载次数: 5)

2019-1-6 21:26 上传
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数据来源：
miRNA Disease associations：HMDD
MiRNA functional similarity
Disease functional similarity

数据统计：577 miRNAs 337种疾病
IMCMDA IMCMDA-master.zip (709.66 KB, 下载次数: 5)

2019-1-6 19:53 上传
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数据来源：
miRNA Disease associations：HMDD2.0
MiRNA functional similarity :http://www.cuilab.cn/fles/images/cuilab/misim.zip
Disease semantic similarity model 1:MeSH
Disease semantic similarity model 2:MeSH
miRNA高斯相似度疾病高斯相似度，通过miRNA Disease associations计算得到
数据统计：383miRNA 495 disease
DMHM DMHM-code.rar (3.05 MB, 下载次数: 5)

2019-1-6 19:53 上传
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数据来源：
miRNA Disease associations：HMDD(2013)
Disease gene associations：SIDD http://mlg.hit.edu.cn/SIDD
miRNA target interactions：a.MiRTarbase；b.DIANA-Tarbase
Gene interactions:HPRD
Disease semantic similarity:MeSH
数据统计：
330 diseases, 1726 miRNAs, 6180 genes, 5219 miRNA-disease associations, 19,476 disease-gene associations, 25,031 gene-gene interactions and 242,860 miRNA-gene interactions

NNMDA基于神经网络的方法http://github.com/wwnew/NEP
数据：577 miRNAs 337种疾病

miRNA-disease

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