miRNA-disease
1. 问题和数据
[*]问题描述
对miRNA和疾病之间的关联进行预测
[*]数据整理
常用数据来源（原始数据）
[*]miRNA-target 关联：mirtarbase http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/ DIANA-Tarbase (http://www.microrna.gr/tarbase)
[*]miRNA functional 相似度：http://www.cuilab.cn/files/images/cuilab/misim.zip
[ ...
面向多目标优化的拐点驱动进化算法
题目：A Knee Point-Driven Evolutionary Algorithm for Many-Objective Optimization
发表期刊：IEEE TRANSACTIONS ON EVOLUTIONARY COMPUTATION, VOL. 19, NO. 6, DECEMBER 2015
作者：Xingyi Zhang等
本文主要贡献：
1. 提出了拐点驱动的多目标进化算法。
2. 提出了自适应策略来确定拐点。
3. 大量实 ...
利用化学及基因核矩阵预测药物-靶点互作关系的贝叶斯矩阵分解方法
论文标题： Predicting drug–target interactions from chemical and genomic kernels using Bayesian matrix factorization
论文链接： 文章链接
作者： Mehmet Gönen
文章概述：
文章提出了一个改进版的矩阵分解方法：整合了基于核函数的非线性降维、矩阵分解和二元分类三种方法，可以使用药物化合物间 ...
新人帖
复杂网络链接的可预测性
论文题目: Toward link predictability of complex networks
论文作者: Linyuan Lü, Liming Pan, Tao Zhou, Yi-Cheng Zhang, and H. Eugene Stanley
论文背景:真实世界的网络结构包括规则的和不规则的。而规则的网络能够解释为什么缺失的链接可以被预测。理解网络结构，我们应该尽可能的去评估链接可预测的性能。这样一个 ...
新人帖
各类网络聚类中的评价指标：模块度
一：论文介绍
模块度的提出 ：
论文题目：Finding and evaluating community structure in networks
作者：MEJ Newman，M Girvan
发表时间：2004
发表处：Physical Review E Statistical Nonlinear & Soft Matter Physics
模块 ...
快速重叠社区搜索
论文标题：FOCS: Fast Overlapped Community Search
论文作者：Sanghamitra Bandyopadhyay, Garisha Chowdhary, Debarka Sengupta
本文的贡献在于提出了快速重叠社区搜索算法（FOCS），一种通过计算局部连通性来识别重叠社区的算法。该算法考虑节点的局部信息，快速、高效而且能够克服内存限制。
前提知识
...
网络中重叠社区检测：现有技术和比较研究
网络中重叠社区检测：现有技术和比较研究
论文标题：Overlapping Community Detection in Networks: the State of the Art and Comparative Study
论文作者：Jierui Xie, Stephen Kelley, Boleslaw K. Szymanski
论文链接：
未删减版论文报告：）
本文主要的贡献：
1）介绍了重叠社区检测的背景知识；
2）回顾了 ...
新人帖
多层图中的社区检测
多层图中的社区检测综述
论文标题：Community Detection in Multi-Layer Graphs: A Survey
论文作者：Jungeun Kim, Jaegil Lee
本文主要的贡献：
1）介绍了在多层图中的社区检测的背景；
2）对现有的几个社区检测算法的进行了分类与比较；
3）总结了现有算法的属性特征；
4）提出了进一步研究的方向。
背景
社区 ...
基于关系的文本数据的可扩展社区发现
基于关系的文本数据的可扩展社区发现
论文标题：Scalable Community Discovery on Textual Data with Relations
作者：微软研究院网络搜索和挖掘小组
本文主要贡献：1.对关于大规模文本数据集的社区发现就可拓展性以及其对初始参数的敏感性做出了分析。2.定义了一个同时利用文本属性以及关系的可拓展社区发现方法。3.为了减 ...
新人帖
通过边标签挖掘多层图中的相干子图
论文标题Mining CoherentSubgraphs in Multi-Layer Graphs with Edge Labels论文作者：来自德国的RWTH AachenUniversity团队 这篇文章做出的主要贡献有三：a) 提出了通过边的标签对多层图进行聚类的范式。b) 介绍了一个可以避免结果冗余的聚类方MLCS。c) 提出了在聚类中使用最佳优先搜索算法MiMAG。 ...
新人帖
基于概率的社区和角色模型
论文标题：Probabilistic Community and Role Model for Social Networks
论文作者：Yu Han and Jie Tang
论文背景：
社交网络是一个大型的虚拟网络，其中可见的和不可见的元素相互连接并相互影响。结点和边是可见的元素，还有一些动态的元素如用户的行为；而社区、角色则是不可见的元素。
论文的主要工作：
...
基于边界点的高维目标进化算法
论文标题：Many-Objective Evolutionary Algorithm: Objective Space Reduction and Diversity Improvement
论文作者：Zhenan He and Gary G. Yen, Fellow, IEEE
写作动机：
普通的基于非支配排序的遗传算法在解决高维目标优化问题（MaOPs）时所面临的问题主要有：
1、选择压力低下导致的大量的解都是非支配的
2、维数灾 ...
药物-靶点的链接预测的相关数据库、服务器和计算模型
论文标题： Drug-target interaction prediction: databases, web servers and computational models.
论文链接： 文章链接
作者： Xing Chen, Chenggang Clarence Yan, Xiaotian Zhang, Xu Zhang, Feng Dai, Jian Yin and Yongdong Zhang
文章概述：
1、总结了识别药物-靶点和与药物发现（drug discovery）相关的数据 ...
基于局部信息共享的小生境差分进化算法
论文标题：Inducing Niching Behavior in Differential Evolution Through Local Information Sharing
论文作者：Subhodip Biswas, Souvik Kundu, and Swagatam Das, Senior Member, IEEE
问题描述：多模态优化（multimodal optimization ）的目的是找出问题的所有全局极值解或有意义的局部极值解。传统的遗传算法也属于 ...
基于分层泊松分解的可扩展推荐算法
论文标题：Scalable Recommendation with Hierarchical Poisson Factorization
论文作者：Prem Gopalan, Jake M.Hofman, David M.Blei
主要工作：本文提出了一个新型泊松分解模型（HPF，Hierarchical Poisson Factorization），采用泊松分布计算用户和商品的隐变量，复杂的后验分布值则由mean-field平均场变分推断近似代 ...
应用混合边模型在多层网络中进行社区检测
应用混合边模型在多层网络中进行社区检测[1]
论文:
[1] Han Zhang et al. (2016) Community Detection Using Multilayer Edge Mixture Model
链接: https://arxiv.org/abs/1605.07055
注:
本文原为我第二次的组会论文讲解内容, 但感觉难度较大, 讲公式比较boring, 所以作罢, 用论文报告的形式补上, 拖延时日, 及至今 ...
另一篇概率社区与角色模型
论文标题： Probabilistic Community and Role Model for Social Networks
作者： Yu Hany and Jie Tang
论文链接： 论文下载
我在博客上的总结： 博客总结
更新版论文及张璇的报文： 组会报告
总的来说， 这篇 A 和那一篇 B Integrating Community and Role Detection in Information Networks 非常像。
也是社区 ...
交叉社交媒体的推荐
交叉社交媒体的推荐论文标题：Cross Social Media Recommendation
http://www.bibsonomy.org/bibtex/22cb9bd06e6144b8909ab55c61c8a2360/dblp
作者：Xiaozhong Liu，Tian Xia，Yingying Yu，Chun Guo，Yizhou Sun
会议：2016 The International AAAI Conference on Web and Social Media(ICWSM)
研究背景
社交媒体改 ...
基于挖掘异构信息网络中的标签和实例间关系的多标签分类
论文标题： Multi-Label Classification by Mining Label and Instance Correlations from Heterogeneous Information Networks.
论文链接：文章链接
作者： Xiangnan Kong、Bokai Cao、Philip S. Yu
问题描述：
在常规的链接预测方法中，要先假设标签之间已经给定了相关性、或者假设这些相关性可以根据计算样本 ...
加强杂交和环境选择的高维目标进化算法
论文标题：A Many-Objective Evolutionary Algorithm With Enhanced Mating and Environmental Selections
作者：Jixiang Cheng, Gary G. Yen, Fellow, IEEE, and Gexiang Zhang, Member, IEEE
论文链接：http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?tp=&arnumber=7090975
问题描述：解决many-objective optimization ...
关注公众号