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新人帖
学术论文档次
为了方便大家对论文档次有一个初步认识，我将本方向涉及期刊和会议做以下分类（将持续更新）：
期刊论文
第一档次
Science, Nature, Cell, PNAS（美国科学院院刊）, Nature 子刊，Cell子刊, Journal of Machine Learning Research，Journal of ACM
第二档次
IEEE/ACM Transaction系列（其中TPAMI、TNNLS、TKDE论文质量较高 ...
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暑假50天奋战活动规则（参考林子雨老师实验室）
要求：
（1）“暑假拼血奋战50天”时间：活动从2016年7月10日开始到2016年8月31日结束；
（2）建立坐班制度：从周一到周五，早晨8点30分到下午5点，必须保证大部分时间里老师可以看到你们；如果确实有事情，必须和老师请假；
（3）工作时间限制娱乐和其他事情：从周一到周五，早晨8点30分到中午11点30分，下午2点30分到5点 ...
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生物网络数据集
23个基因网络，https://github.com/YingLaiLin/gene_disease_databases
Systematic Evaluation of Molecular Networks for Discovery of Disease Genes, Cell Systems, 2018.
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深度学习课程
吴恩达，人工智能课程。由 deeplearning.ai 出品，网易引进的正版授权中文版深度学习工程师微专业课程，让你在了解丰富的人工智能应用案例的同时，学会在实践中搭建出最先进的神经网络模型，训练出属于你自己的 AI。
https://mooc.study.163.com/smartSpec/detail/1001319001.htm
李飞飞，深度学习与计算机视觉，对CNN，RN ...
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研究生周报如何写？
周报可以包含以下内容：
1.本周工作内容：最好以数据的形式展现取得了哪些成果。
2.下周工作计划：要做什么，什么时候完成。要具体不要泛泛而谈，以便于导师清楚自己的工作方向。如下周的工作计划是读什么论文，做什么实验。
3.需要哪些帮助：在工作中肯定会遇到各种各样的问题，解决这些问题需要导师或师兄妹给予怎样的帮 ...
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生物信息学的生物学基础知识
生物信息学的一些基础知识可以从以下视频获得：
1. 陈巍学基因
基因是什么
https://v.youku.com/v_show/id_XMzAyMjMyMDk2NA==.html?spm=a2hzp.8253869.0.0
基因与疾病的关系
https://v.youku.com/v_show/id_XMzAzMzYxMTkxNg==.html?spm=a2hzp.8253869.0.0
人类全基因组测序简介
https://v.youku.com/v_show/id_XODI0MTc3Mz ...
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毕业论文与毕业答辩2018
答辩之前自己草拟一个答辩决议。答辩之后由答辩委员会修改。
答辩PPT
毕业论文
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研究生培养方案
我们来到厦门大学读研究生，目标是在毕业后（或者毕业一段时间后）成为优秀的研究者或具有研究能力的工程师，能够具有自我学习，解决问题的能力。并能在团队合作中有效的沟通与协作。
为了达到以上目标，我要求达到以下基本要求才能毕业：
1. 读十本计算机专业书籍（专业课教材除外）；如《数据挖掘》、《机器学习》、《数 ...
找人要代码的邮件怎么写
在研究中，我们尽量去找那种有公开代码和数据的论文读，因为论文很难把实验的每个细节都描述清楚，只有读了代码，才算真正把算法搞清楚。
计算机的大部分论文，都是不公开代码和数据的，这时候就需要写信给作者要。
下面提供一下要代码的邮件模板，供大家参考。
标题： “A greeting from Xiangxiang Zeng”，或者“Rega ...
研究生学习总结_张璇
在此，总结研究生期间的学习内容和科研成果。
一、计算机专业书籍阅读
《数据挖掘导论》、《机器学习》、《算法》、《数学之美》、《编程珠玑》、《统计学习方法》、《R语言实战》。
二、科研论文阅读
在完成第一篇综述期间精读不少于40篇论文，其中包括：
11. Li Y, Qiu C, Tu J, Geng B, Yang J, Jiang T, Cui Q. HMDD ...
研究生学习总结
三年的研究生生活即将结束，现将三年来的一些学习情况总结如下：
一、阅读计算机专业书籍：《数据挖掘导论》、《机器学习》、《算法导论》、《编程之美》、《编程珠玑》、《统计学习方法》、《R语言实战》、《深入理解计算机系统》、《深入理解程序设计》、《程序员笔试面试宝典》《剑指offer》。
二、阅读科研论文：
1 ...
硕士期间看的书籍<一>
硕士期间看的书籍
1：浪潮之巅
2：数学之美
3：统计学习
4：从一到无穷大
5：上帝掷骰子么
6：梦的解析
7：数据挖掘
8：Java设计模式
9：人类简史
10：未来简史
浪潮之巅
作者吴军，原腾讯副总裁。吴军博士是当前Google中日韩文搜索算法的主要设计者。
当我们走上IT的道路之时，就是我们成为IT浪潮中成员 ...
周志华点评 机器学习会议
作者：南京大学 周志华老师
微博：http://weibo.com/zhouzh2012
编者提示：这篇文章写于几年前，但现在看来各会议影响力基本一致，有参考价值。但排名不可能做到完全客观，烦请大家仔细阅读周老师文章后的寄语。
说明: 纯属个人看法, 仅供参考. tier-1的列得较全, tier-2的不太全, tier-3的很不全.
同分的按字母序排列. ...
生物信息学 入门知识--浅谈（四）
续三
第四章 生物信息学研究内容之三（最近两三年，该领域最热和最值得关注的问题；最重要的研究方向和国际上在做什么）
一、系统生物学的出现与发展
重要科学家：Dr.leroy hood
基因组研究的三个阶段：
1、测序基因组（得到基因组的静态序列）
2、功能基因组（得到遗传密码在特定组织特定 ...
生物信息学 入门知识--浅谈（三）
续二
Tips：
1、一个成熟RNA的结构（准备放在核糖体上制造蛋白的）；
一定有的部分：cap(最前端的帽子结构：焦磷酸，三个) + 5‘的非翻译区（UTR）+ 起始密码子（甲硫氨酸:AUG）+ 编码区+终止密码子（三选一：AUG,UGA,UAA）+ 3‘的非翻译区（UTR） + 尾巴（poly-A：若干个A连起来的）
2、SNP( ...
生物信息学 入门知识--浅谈（二）
续一
第二章 生物信息学研究内容之一（讲解几个经典课题）
一、大规模基因组测序中的信息分析
基因组的拼接；基因的标注
DNA测序仪：测出来是四种光密度，光密度越大说明碱基的含量越高，每个颜色代表一个碱基
光密度采样（使光密度反应碱基的表达量）－－碱基读出（把光密度翻译成碱基的信息，哪个光密度 ...
生物信息学 入门知识--浅谈（一）
以下知识均来自中科院 陈润生院士的系列讲座《生物信息学》的观后笔记，视频连接地址：http://v.youku.com/v_show/id_XMzg4MDQ0MDI0.html?firsttime=58 ； 课件下载云盘分享链接：http://pan.baidu.com/s/1c2DjnGG ；
老先生的讲解 比较生动有趣的，时间充裕的话，还是很建议亲自听一听，但语速比较慢，看完还是挺花时间 ...
链接预测方法概览
miRNA-Disease 关系预测方法总结(文中方法也可用于解决其他链接预测的问题)
PS：由于帖子中图片好像无法在指定位置正常显示，特，上 传图片排版较好的pdf作为附件，方便下载阅读。
本帖的目的：介绍一些常用的链接预测方法，这些方法都已应用在生物信息以及社会网络的链接预测工作中，本文主要关注在miRNA和疾病关系预测 ...
精华
周志华：如何做研究，如何写论文
周志华老师是南京大学教授，国际著名机器学习专家，他写的《机器学习》是该领域的入门必备书籍。
这个pdf是周志华教授给他的学生入学第一课，我转过来给大家参考。
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