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ion torrent 和 GS junior这两款机器那个综合性能更好？ 用途 细菌基因组测定 转录组 SNP 和SSR开发 对以上应用，读长和通量，那个更重要？ 测序准确度 两款机器有没有什么质的不同？当遇到单碱基或多碱基重复时？ ...

投票的目的就是利用多数占优，少数服从多数的思维。认为多数人的决定应该是正确的，但是也有误判的情况。 假设使用分类器为C1,C2,C3，类别有N类。 （1）从分类结果出发——重写classifyInstance函数判断每个分类器的结果，以获得票数最多的类别作为返回值。 特殊情况：类别得到的票数一样多，这种情况可以读取每个分类器的d ...

目标： translates nucleic acid sequences to the corresponding peptide sequence （1）expasy不仅提供motif和domain的预测，还有翻译序列这么个东东。 http://web.expasy.org/translate/ （2）EMBOSS Transeq （EBI网站） http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/transeq/ （3）直接blastx看结果中的query，但是这样不 ...

美国华人名教授巡礼 名字 所属 主要科学贡献/研究 Chan, Lawrence Chin-Bong 贝勒医学院 1987年发现哺乳类去水脂蛋白BmRNA编辑 Chen, Lan-Bo陈良博 哈佛医学院 肿瘤生物学和治疗 Cheng, Yung-Chi郑永齐 耶鲁医学院 发明病毒和肿瘤药物 Chien, Shu钱煦 圣迭哥加州大学 心血管系统信号的分子研究 Chow, Louise Tsi周芷 ...

发信人: tarxvpf (eastwest), 信区: Picture 标 题: 比尔盖茨的数学作业 发信站: 水木社区 (Sat Oct 8 12:32:02 2011), 站内 比尔盖茨大二时的数学作业,发表于SCI期刊《Discrete Mathematics》1979年27卷。 出题目的是Christos Papadimitriou（后面简称帕帕） ，帕帕是一位希腊裔的美国人， 是一位著名的数学 ...

EBI的一个比对工具：FASTA 下载地址http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_down.shtml 附件中的程序只是其中的一个工具，但是，我没搞懂怎么调出程序的参数解释 fasta36 -help ??不行 -h也不行 求救...

刚才在查找资料时碰到的.. http://www.pami.sjtu.edu.cn/Bioinformation/index.htm

介绍一个组，专注于用数学建模基因调控机制。这方面还有另外一个很牛的中国人是Sunny Xie，第一个做出了检测单分子表达的技术。 http://paulsson.med.harvard.edu/publications.html

一篇关于用probabilistic suffix tree建模序列context的文章。做序列模型的时候（找motif，找gene，做chip-seq，做甲基化修饰），会遇到之类问题，马氏模型选取一阶、二阶、三阶，还是更高阶合适。马氏模型的阶数越高，参数的数目是指数增长的。这篇文章的解决方法很巧妙，数学上非常美。建模context的时候，crf也是一个很 ...

很多大牛，尤其是Phil Green老爷爷，更是了不得，回邮件总是直奔主题，而且特别长，看得很累。 http://www.ipam.ucla.edu/programs/gen2011/

不错的blog http://biolektures.wordpress.com/2011/08/30/ion-torrent-signal-processing-part-1-background-and-nucleotide-incorporation-models/

在前面介绍焦磷酸测序的特点时，提到了这种测序技术容易在homopolymer出现错误。Homopolymer是指只含有一种碱基的序列片段。Homopolymer的错误有两种，一种是由于Homopolymer的信号内在的随机性造成的，测序仪测出的长度与真实的长度不符，可能偏长，也可能偏短。另一种是因为化学合成的时候，一定比例的模板链没有反应，比 ...

对信息所一年级研究生的几点建议 李衍达 07.09.13 你们希望我谈谈对你们初入研究领域有什么建议。你们每人都身经百战，都有自己的一套行之有效的学习方法，因此，我讲的不是有关学习方法的问题，但对研究来说，你们可能比较陌生，研究与大学生的学习是不同的，在如何进入研究方面，也许我可以给大家提出一些建议供你们参 ...

http://www.ims.nus.edu.sg/imprints/interviews/MichaelWaterman.pdf

对于生物的分子、模块、通路、调控机制，人们已经积累了很多知识，现在出现了一个新的领域合成生物学，是利用已经积累的知识，根据需要，修改染色体的组件，让生物体适应具体的应用。2010年Venter合成了大肠杆菌，2011年美国有人合成出了能够制造石油的植物。 有点X战警的感觉 2011年science上的一篇文章，作者把E.Coli的 ...

关于Ion Torrent的文章，刚出的。Ion Torrent在它的社区网站公布了它的数据。 http://www.nature.com/nature/journal/v475/n7356/full/nature10242.html#/-post-light-x27-sequencing-of-g-moore 非常不错:D Homopolymer的问题看起来还是没有很好的解决。

再过一个月，我追随老板就要满一年了。做Bioinfo的头两年，Bioinfo给我的印象就是胡扯，没应用，没逻辑，自己对Bioinfo非常排斥。后来，遇到了我的恩师，是他改变了我的看法，让我体会到了实实在在的Bioinfo的工作，而且让我看到了将来的前景。 一年下来积攒了这么一摞草稿 开始不会写代码，就先在纸上写一遍，然后再cod ...

信号空间比对，自己造的一词，不管准不准确，姑且用之。信号空间比对是说用测序仪的原始信号进行比对，而非碱基序列，比如454用亮度信号，SOLiD用颜色序列。因为测序仪的Base Caller是用统计的方法将原始信号转换成碱基序列，不可避免地会在测序仪错误之上再引入新的错误。直接在信号空间中做序列比对，是为了尽可能地避免 ...

目前测序市场主要被Roche/454，Illumina，SOLiD占据着。454技术的基础是焦磷酸测序（Pyrosequencing）。2010年底，LifeTechnology推出了一款新的机器Ion Torrent，2011年上半年在北美市场已经卖出了200多台，目前国内还没有。2011年6月底，Harvard的Xiaoliang Xie教授（哈佛历史上第一位从大陆出去的全职教授，2010年评为美 ...

测序仪得到信号后，第一步即是将信号转换为碱基序列。即是用同样的样本，测序时试剂的剂量和批次不同，出来的结果也会不同。不同的实验室出来的测序结果也不全是一样的。哇，那么怎么评价一次测序的质量呢？有没有一个统一的标准？这还得感谢Phil Green老爷爷了（他的实验室全是一帮老头，好像还在不断的coding，老当益壮呀 ...