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虽然读fasta文件很简单，但要考虑到到处都可能有多加入的回车，事实上编写程序也不容易 附件代码，不但读入fasta序列，而且把多余的空格、数字删除掉了 如果在使用过程中，还想删除其他特殊字符，修改程序便可 程序用Jbuilder2006写的 ...

感兴趣可以看看，:-D 1、Hightroughput data analysis course using J-Express http://www.bioinfo.no/training/highthroughput-data-analysis-course-bergen-21-23-march-2012/home 2、新一代测序数据分析处理 http://www.youku.com/playlist_show/id_17418799.html

强烈推荐各位搞生物信息的同学看懂这幅图。

《Machine Learning in Bioinformatics》 Gunnar R¨atsch 4个ppt，由浅入深。 另外一篇综述也叫《Machine Learning in Bioinformatics》发表在BIB。

地址： http://www.bioinformatics.org/sms2/ 基本上工具都是用JS写的，赞！! 另外推荐一个生物信息学的论坛：http://www.bioinfosky.com/portal.php

前一段时间看了一下Biojava，本意是想研究他的Blast技巧，没想到他是调用ncbi进行blast的，我看到的是这样，不知道还有没有没看到的部分功能。然后再搜资料的过程中，发现了一个比较好的地方，上边有很详细的介绍Biojava，并给出了一部分功能的代码，但是我看了一下，很多不完全并且大部分都有错误，鉴于他上面讲到的对于生 ...

生物信息学：生物信息学时应用信息科学的知识和方法，搜集、整理、贮存、分析生命科学的一门新兴学科，是现代医学生物学研究和分析的必备工具。CMBI曾就当今网上的各种专业网站及专业数据库作过报道，具体请参阅生物信息网站评述。这次CMBI再从《Bioinformatics》这一国际上最为著名的专业杂志中摘编了两年来发表的最重要的 ...

改进后，目前不仅限于对microRNA序列的做的BLAST，还可对其他核苷酸序列做BLAST后的结果进行处理。 （1）准备好需要Blast的两个文件。 例如: 我们要在我们的文件中(CDs.txt)寻找与microRNA前体文件（pre-mciroRNA.txt）匹配的序列。则需将CDs.txt命名为query_file.txt, 将pre-mciroRNA.txt命名为 database_file.txt 注 ...

EVM：http://evidencemodeler.sourceforge.net/ 我们实验室已经安装在70服务器的usr/local/share/EVM_r2012-06-25 目录下，基本运行方法是到simple_example目录下运行runMe.sh 其思想是把注释中相冲突的部分，按照权重去掉权重差的注释。 但对protein、exon、ncRNA等标注还需要自己先标注成gff3格式（blast的输 ...

http://research.microsoft.com/en-us/projects/bio/mbf.aspx http://research.microsoft.com/en-us/projects/bio/mbt.aspx 一出手就是重磅产品！！！大家快关注！！！

1. JAligner http://jaligner.sourceforge.net/ 实现了最基本的基于动态规划的比对方法，包括DNA和蛋白质，基础 2. Picard http://picard.sourceforge.net/ 可以处理SAM file，日后处理大规模测序数据必不可少 3. Hadoop-BAM http://sourceforge.net/projects/hadoop-bam/ ...

http://code.google.com/p/forester/ forester is a library of Java and Ruby software for phylogenomics and evolutionary biology research. 后面我们会用到，哪位同学有时间写个使用文档？我有重奖！

希望与感兴趣的童鞋或者有过EST分析与GO注释经验的童鞋们交流学习，谢谢啦~ 本人邮箱 QQ:965820354

Alignment与mapping: BLAT: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml CABOG: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page CLUSTALW: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2 LAGAN & Shuffle-LAGAN: http://l ...

一个不错的有关生物信息解答的网站~ http://biostar.stackexchange.com/

http://www.jalview.org/ 一个用于web展示多序列比对结果的java开源项目，我有现成的多序列比对代码，就缺少图形展示。

http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/ 好像是做好的war，可以用来蛋白的多序列比对、识别disorder区。

原文：http://bbs.ibioo.com/thread-63801-1-1.html