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JBrowse搭建及使用
UCSC Genome Browser可以说是最好的genome browser，可以搭建麻烦、需要配置数据库。现在介绍一个只需要Apache就可以、不需要数据库的Browser ---- JBrowse （http://jbrowse.org/）
--------------------------------示例------------------------------------
先看一个例子，我在75上搭建人的基因组，http://datamining ...
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生物信息学基础读物
1. ，这本书比较基础，涉及的生物、算法都比较简单，建议最先阅读。下载地址：http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/courses/Bioinformatics_note_V.2.htm 2. 清华大学暑期学校视频教程。http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/GSSBC07/这个教程非常好，刚开始看可能会有些难，建议多看几遍。（如果不是教育网，可能会卡，或连不 ...
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基因表达数据分类聚类相关资料（持续更新）
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数据集：
一、国内外生物信息学引用较为广泛的癌症数据集
来源：http://www.gems-system.org/
内容：
说明：这个网站提供的数据是MATLAB矩阵格式的，需要使用MATLAB将其转换为表格格式——使用csvwrite('filename',matrixname)命令即可，然后再用weka自带 ...
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GFF3注释文件
GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。 依次是：
1. reference sequence：参照序列 指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。可以有多个参照序列。
2. source ：来源 注释的来源。如果未知，则用点（.）代替。
3. type ：类型 属性的类型。建议使用符合SO惯例的名称（sequ ...
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精华
序列比对工具之BLAST
BLAST是基本局部比对搜索工具的缩写。它的功能是对生物不同蛋白质的氨基酸序列或者不同基因的DNA序列进行比对。在相应数据库中进行序列相似性搜索，寻找相同或者相似序列。
ncbi在线服务网址：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ...
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RNAfold的使用方法
RNAfold是预测序列二级结构的软件。
本地版下载地址：
http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/windoze/
在上面个的网址中还有其他预测结构的软件可供下载~
现在主要介绍一下本地下载版的使用方法：
1.不能够双击应用程序，若双击RNAfold.exe应用,只能手动输入序列，而且只能一条一条输入，极其麻烦
2.应该在Dos环境下 ...
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蛋白质分类相关资源(持续更新)
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1. 问题和数据
1.1 综述
1.1.1 综述论文（问题）
1.1.2 benmark（数据）
1.2 SCOP 蛋白质结构数据库 http://astral.berkeley.edu/
本实验室在该数据库上的工作见 HPFP (发表在PLoS ONE)， ...
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WTCCC中的数据处理
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下一代测序数据相关
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BENCH: 多序列比对参考数据集及评分方法
BENCH（http://www.drive5.com/bench/）是一个多序列比对（Multiple sequence alignment，MSA）参考数据集，包含11个蛋白质MSA数据库和2个DNA MSA数据库，及参考比对结果（即比较理想的比对结果，你的比对结果与此越相似，则评分越高）。BENCH的优点是收录了比较多的常见数据库，并包含了主流的MSA软件对其评分，有很好的参 ...
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[转载]生物信息学名词解释与问答题
(一家之言,仅供参考)
1) 什么是生物信息学所谓的基本数据库，你所知的核酸、蛋白质、结构基本数据库有哪些？
答：生物信息学中的数据是指生物分子的信息，具体表现为DNA序列数据、蛋白质序列数据、生物分子结构数据、生物分子功能数据（包括蛋白质功能的定性描述、蛋白质之间的相互作用描述、基因表达数据、代谢路径、调 ...
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精华
如何在NCBI下载一个物种的EST序列
EST是什么，自己去baidu，简单说来就是一段DNA序列，由全世界的科研工作者无组织无纪律瞎测，测完上传汇总在一起，每一条不靠谱的序列就称为一段EST序列。EST一般长为300-800bp。
如何得到某一个物种，比如甜瓜（cucumis melo）的所有EST序列？
首先，去NCBI（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/），在 EST数据库 中搜索 cucum ...
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DNA拼接软件CAP3
执行语句：
cap3 test.txt >test.cap3 -p 99
其中-p 99可省略，是指拼接上的部分相似度要在99%以上
软件
测试文件
（改进）在blast后删除结果文件的冗余
改进后，目前不仅限于对microRNA序列的做的BLAST，还可对其他核苷酸序列做BLAST后的结果进行处理。
（1）准备好需要Blast的两个文件。
例如: 我们要在我们的文件中(CDs.txt)寻找与microRNA前体文件（pre-mciroRNA.txt）匹配的序列。则需将CDs.txt命名为query_file.txt, 将pre-mciroRNA.txt命名为 database_file.txt
注 ...
谁能告诉我这个程序怎么查看-help？
EBI的一个比对工具：FASTA
下载地址http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_down.shtml
附件中的程序只是其中的一个工具，但是，我没搞懂怎么调出程序的参数解释
fasta36 -help ??不行
-h也不行
求救...
weka中投票分类器应用
投票的目的就是利用多数占优，少数服从多数的思维。认为多数人的决定应该是正确的，但是也有误判的情况。
假设使用分类器为C1,C2,C3，类别有N类。
（1）从分类结果出发——重写classifyInstance函数判断每个分类器的结果，以获得票数最多的类别作为返回值。
特殊情况：类别得到的票数一样多，这种情况可以读取每个分类器的d ...
焦磷酸测序（1）原理和特点
目前测序市场主要被Roche/454，Illumina，SOLiD占据着。454技术的基础是焦磷酸测序（Pyrosequencing）。2010年底，LifeTechnology推出了一款新的机器Ion Torrent，2011年上半年在北美市场已经卖出了200多台，目前国内还没有。2011年6月底，Harvard的Xiaoliang Xie教授（哈佛历史上第一位从大陆出去的全职教授，2010年评为美 ...
生物信息学工具Biojava使用介绍以及部分功能代码展示
前一段时间看了一下Biojava，本意是想研究他的Blast技巧，没想到他是调用ncbi进行blast的，我看到的是这样，不知道还有没有没看到的部分功能。然后再搜资料的过程中，发现了一个比较好的地方，上边有很详细的介绍Biojava，并给出了一部分功能的代码，但是我看了一下，很多不完全并且大部分都有错误，鉴于他上面讲到的对于生 ...
生物界美国的华人大牛们
美国华人名教授巡礼
名字 所属 主要科学贡献/研究
Chan, Lawrence Chin-Bong 贝勒医学院 1987年发现哺乳类去水脂蛋白BmRNA编辑
Chen, Lan-Bo陈良博 哈佛医学院 肿瘤生物学和治疗
Cheng, Yung-Chi郑永齐 耶鲁医学院 发明病毒和肿瘤药物
Chien, Shu钱煦 圣迭哥加州大学 心血管系统信号的分子研究
Chow, Louise Tsi周芷 ...
Ion Torrent的文章
关于Ion Torrent的文章，刚出的。Ion Torrent在它的社区网站公布了它的数据。
http://www.nature.com/nature/journal/v475/n7356/full/nature10242.html#/-post-light-x27-sequencing-of-g-moore
非常不错:D
Homopolymer的问题看起来还是没有很好的解决。
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