RNAfold的使用方法

RockRabbit · 发表于 2011-8-3 22:14:41

本帖最后由 RockRabbit 于 2011-11-24 20:20 编辑

RNAfold是预测序列二级结构的软件。

本地版下载地址：
http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/windoze/

在上面个的网址中还有其他预测结构的软件可供下载~

现在主要介绍一下本地下载版的使用方法：

1.不能够双击应用程序，若双击RNAfold.exe应用,只能手动输入序列，而且只能一条一条输入，极其麻烦

2.应该在Dos环境下，到达应用程序的当前目录。

  然后输入命令：

  RNAfold.exe  <seq.fasta >result.txt

  其中“<”代表序列以文件形式作为输入，这就允许输入多个序列进行结构预测，而不单单是一个。若没有这个"<", 则无结果。

   “>”代表结果以文件形式输出，最终的预测的结构在result.txt文件中。若没有这个符号，则会输出在dos环境下。

当然还有online服务的网址：http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi

PS: 在使用中发现如果仅用  RNAfold.exe  <seq.fasta >result.txt 会得到结构文件，但是也会出现大量的.ps文件，因此要使得得到的仅仅是结构文件的话，要使用命令： RNAfold.exe  -noPS <seq.fasta >result.txt

zouquan · 发表于 2011-8-3 22:22:16

非常好，赞一下！！

hllysx · 发表于 2011-9-8 15:07:41

学习学习。。。